INTERAKCIJE PROKAINA SA KLJUČNIM PROTEINIMA U RAZVIĆU SRCA ZEBRICA: IN SILICO ANALIZA - Mitović, Nikola; Milošević, Milica; Ristić, Maša; Dimitrijević, Ljubica; Kovačević, Sanjin; Nešović Ostojić, Jelena; Stanković, Marija (Zdravstvena zaštita, 2024)
Uvod/Cilj: Prokain je lokalni anestetik iz aminoestarske grupe koji blokira natrijumove voltažno-zavisne kanale. S obzirom na to da može proći kroz placentu u jonizovanom obliku, postavlja se pitanje njegovog uticaja na embrionalni razvoj. Zebrice, koje imaju značajan stepen homologije sa ljudskim genomom, omogućavaju proučavanje razvoja kardiovaskularnog sistema sa pouzdanom ekstrapolacijom na čoveka. Ispitivanje uticaja prokaina na ključne proteine u razvoju srca zebrica pomoću molekularnog dokinga.Metode: Prvo je izvršen skrining interakcije prokaina i celog ljudskog proteoma koristeći FINDSITEcomb softver. Na osnovu značajnih interakcija sa visokim stepenom preciznosti analize, selektovano je 113 proteina. Pomoću ZFIN baze je određen stepen homologije između selektovanih ljudskih proteina sa zebričinim, tkivna-specifičnost i vremena ekspresije. Devet proteina su ispunili sve kriterijume: kcnh6a, kcnh7, kcnh5a, kcnh2a, psen2, rbfa i zfpl1 i dalje su ispitivani molekularnim dokingom u AutoDock Vina programu. Rezultati: Većina proteina se eksprimira visokom stopom tokom blastule. Doking rezultati su pokazali da scn1laa protein i prokain imaju najnižu vrednost Gibsove slobodne energije (-6 kCal/mol), dok je za zfp11 protein vrednost bila najviša (-4,4 kCal/mol). Vezivanje prokaina na ispitivane proteine pokazalo je slične aminokiselinske sekvence unutar iste familije proteina. Zaključak: Prokain ostvaruje interakcije sa proteinima uključenim u razvoj srca zebrica u in silico uslovima. Dalje analize na živim embrionima su potrebne kako bi se dopunili ovi rezultati.
Keywords: prokain, razvoj srca, zebrice, molekularni doking