Karakterizacija izolata Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum sa kupusa izolovanih tokom skorije pojave u Bosni i Hercegovini - Popović, Tatjana; Jelušić, Aleksandra; Marković, Sanja; Iličić, Renata (Pesticides and Phytomedicine / Pesticidi i fitomedicina, 2020)
U radu je identifikovan i okarakterisan prouzrokovač vlažne truleži kupusa u Semberiji.Simptomi su se javljali na listu u vidu lezija vlažnog izgleda uz prisustvo specifičnog mirisa.Bolest je zahvatila 20 do 30% useva. Izolacija patogena prouzrokovača bolesti je vršena nahranljivom agaru (NA), King’s B i Kristal violet pektatnoj podlozi (CVP). Za dalja istraživanjaodabrano je osam krem-beličastih, okruglih i ispupčenih bakterijskih kolonija koje su stvaralekarakteristična udubljenja na CVP podlozi. Svi izolati su bili gram negativni, fakultativni anaerobi,oksidaza negativni, katalaza pozitivni, nefluorescentni na King-ovoj podlozi B, negativni nastvaranje levana i arginin dihidrolaze. Svi izolati su prouzrokovali vlažnu trulež na kupusu ikriškama krompira 24 časa nakon inokulacije u uslovima visoke relativne vlažnosti. Reakcijalančane reakcije polimeraze (PCR) je vršena u cilju preliminarne identifikacije izolata, primenomtri para specifičnih prajmera: F0145/E2477 (specifični za Pectobacterium carotovorum subsp.carotovorum), Br1f/L1r (specifični za P. carotovorum subsp. brasiliensis) i ECA1f/ECA2r (specifičniza P. atrosepticum). Kod svih izolata amplifikovani su produkti veličine 666 baznih parovakorišćenjem F0145/E2477 para prajmera, što je ukazalo na prisustvo bakterije P. carotovorumsubsp. carotovorum. Dalja genetička karakterizacija je vršena na osnovu analize sekvencikonzervisanih gena gapA i mdh. BLAST analiza je potvrdila identifikaciju izolata na osnovuhomologije sa sojevima P. carotovorum subsp. carotovorum deponovanim u NCBI bazi i tood 99.39% (Q. cover 100%, E. value 0.0) sa sojem M34 (Acc.no. KY047594) za sekvence gapAgena i 100% (Q. cover 100%, E. value 0.0) sa Pcc t0437 (Acc.no. KC337296) za sekvence mdhgena. Filogenetska analiza je pokazala genetičku homogenost izolata poreklom sa kupusa,svrstavajući ih u jedan klaster.
Keywords: Pectobacterium; kupus; identifikacija; karakterizacija