In silico ispitivanje efekata gentamicina na lizozomalnu razgradnju lipida i transportni sistem između lizozoma i glatkog endoplazmatskog retikuluma - Mitovic, Nikola; Spasic, Svetolik; Jovanovic, Nikola; Stanojevic, Marija; Paunovic Pantic, Jovana; Kovacevic, Sanjin; Gostiljac, Drasko; Jovicic, Vladimir; Jevtovic, Jelena; Nesovic Ostojic, Jelena (Medicinska istraživanja, 2026)
Uvod: Gentamicin je aminoglikozidni antibiotik sa ograničenom kliničkom upotrebom zbog pratećih neželjenih efekata grupisanih u dve velike grupe: nefrotoksičnost i ototoksičnost. Oštećenja nastala gentamicinom se vremenom akumuliraju i finalno dovode do smrti ćelija. U bubregu najvise su zahvaćene ćelije proksimalnih tubula, a u unutrašnjem uhu senzorne ćelije. Jedan od pretpostavljenih mehanizama toksičnosti je fosfolipidoza, poremećaj u kome dolazi do povećane akumulacije fosfolipida u ćeliji.Cilj: Cilj našeg rada je in silico utvrđivanje mehanizma dejstva gentamicina u nastanku fosfolipidoze na osnovu interakcije sa ključnim proteinima odgovornim za transport lipida između glatkog endoplazmatskog retikuluma i kasnih endozoma kao i enzima koji učestvuju u razgradnji lipida.Materijal i metode: U KEGG bazi smo definisali target proteine, a u Human Atlas bazi pratilinjihove profile ekspresije i tkivne specifičnosti. Finalne kriterijume ispunjavalo je 9 proteina koje smo dalje ispitivali u AutoDock Vina programu, molekularnim dokingom.Rezultati: Većina ispitanih proteina se eksprimira u visokoj stopi u bubregu i odgovarajućim strukturama centralnog nervnog sistema. Rezultati dokinga su pokazali da je interakcija ORP1L proteina i gentamicina imala najnižu vrednost Gibsove slobodne energije i iznosila je -8,1 kCal/mol, dok je za protein STARD3 vrednost Gibsove slobodne energije bila najviša iznosila je -5,2kCal/mol. Aminokiselinske sekvence za koje se gentamicin vezivao na ispitivanim proteinima su bile slične u okviru istih familija proteina.Zaključak: Gentamicin u in silico uslovima ostvaruje interakcije sa proteinima koji učestvuju u lizozomalnoj degradaciji lipida i transportu između lizozoma i glatkog endoplazmatskog retikuluma.
Keywords: gentamicin; nefrotoksičnost; ototoksičnost; fosfolipidoza; molekularni doking